주식의 포괄적 교환 후 무증자합병 시 과세여부 등

무증자합병 시 포합주식에 대하여 합병신주를 교부하지 않더라도 포합주식에 대하여 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것과 그 실질이 동일함

[회신] 귀 질의 1,5의 경우, 아래 질의회신을 참고하시기 바랍니다. ○ 서면-2019-법령해석법인-0084 (2019.7.19.) 완전모회사가「조세특례제한법」 제38조제2항(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)에 따라 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득하여 과세특례를 적용받은 후 완전자회사를 합병하는 경우로서 합병법인이 보유하고 있던 피합병법인의 주식(이하 “포합주식”)에 대하여 합병신주를 교부하지 않는 경우 해당 포합주식에 대해 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것과 그 결과는 실질적으로 동일하므로 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식에 대하여 자산조정계정으로 손금에 산입한 금액은 「조세특례제한법 시행령」 제35조의2제9항(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)에 따라 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것임 귀 질의 3,4의 경우「조세특례제한법 시행령」제35조의2 제1항에 따라 압축기장충당금을 손금에 산입한 완전자회사의 주주인 법인이 완전모회사의 주식을 처분하는 사업연도에 같은조 제2항에 따라 익금에 산입하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ A법인은 B법인과 C법인의 발행주식 총수를 보유하고 있는 지주회사로서 - 20 13년 「상법」제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 실시하여 A법인은 C법인 주식 전부를 B법인에게 양도하고 그 대가로 B법인 신주를 교부받았으며, 주식의 포괄적 교환 결과 C법인은 B법인의 완전자회사가 되었음 ○ A법인(완전자회사의 주주)은 「조세특례제한법」제38조에 따라 B법인의 주식을 장부가액으로 회계처리하였고, 주식의 포괄적 교환에 따른 양도 차익에 대해서 압축기장충당금을 설정하여 과세이연을 받았음 ※ A법인 회계처리 및 세무조정내역 (C법인 주식 시가 953억원, 장부가액 135억원, 차이금액 818억원) -〔회계처리〕 (차) B법인 주식 135억 (대) C법인 주식 135억원 -〔세무조정〕 (익금산입) 주식의 포괄적 교환 818억 (유보) (손금산입) 압축기장충당금 818억 (△유보) ○ 또한, B 법인(완전모회사)은 주식의 포괄적교환을 통해 취득한 C법인(완전자회사) 주식에 대해 「조세특례제한법 시행령」제35조의2 제9항 규정에 따라 시가와 장부가액의 차이를 자산조정계정을 계상하였음 ※ B 법인 회계처리 및 세무조정내역 -〔회계처리〕 (차) C법인 주식 135억 (대) 자본금 및 자본잉여금 135억원 -〔세무조정〕 (익금산입) 주식의 포괄적 교환 818억 (유보) (손금산입) 자산조정계정 818억 (△유보) 2. 질의내용 ○ (질의1) 완전모회사(B법인)가 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사(C법인) 주식을 취득하여 과세특례를 적용받은 후 완전자회사(C법인)를 합병하는 경우로서 포합주식에 대하여 신주를 교부하지 않는 무증자 합병을 하는 경우, - 자기주식으로 소각되는 경우에 해당하는 것으로 보아 당초 자산조정 계정 으로 손금산입한 금액을 익금에 산입하지 않을 수 있는지 여부 ○ (질의3, 질의4) 완전모회사(B법인)가 완전자회사(C법인)을 흡수합병 하는 경우 또는 완전모회사(B법인)가 완전자회사(C법인) 주식을 외부에 매각하는 경우 (A법인은 B법인 주식을 계속 보유) - 완전자법인의 법인주주(A법인)가 당초 압축기장충당금을 손금산입 하였던 금액을 익금에 산입해야 하는지 여부 ○ (질의5) 완전자회사의 법인주주(A법인)가 완전모회사(B법인)을 흡수 합병 하는 경우로서 포합주식에 대하여 신주를 교부하지 않는 무증자 합병을 하는 경우 - 자기주식으로 소각되는 경우에 해당하는 것으로 보아 당초 압축기장 충당금으로 손금산입한 금액을 익금에 산입하지 않을 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환･이전에 대한 과세 특 례】(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조 의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식 의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주 식 양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대 해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다. 2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것 3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전 모 회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이 내 의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환·이전 일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다) 을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. 1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우 2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주 식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 ③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포 괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제35조의2 【자산의 포괄적 교환･이전에 대 한 법 인의 과세특례】(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것) ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내 국법인 및 「법인세법」 제91조제1항 에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포 괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포 괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1 호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포 괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 압축기장충당금으 로 계상하여야 한다. 1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 가액, 금 전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환·이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식 의 취득가액을 뺀 금액 2. 제1호의 금액과 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사 의 주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄 적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. | | 압축기장충당금 | × | 처분한 주식 수 | | | | 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식 수 | | ⑦ 완전자회사의 주주에게 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식 을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사의 주식을 교부하여야 한다. | | 완전모회사가 교환･이전대가로 지급한 완전모회사의 주식의 총합계액 | × | 해당 주주의 완전자회사에 대한 지분비율 | | | | | ⑧ 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 완전자회사 의 사업의 계속 및 폐지 여부를 판정할 때 완전자회사가 주식의 포 괄적 교환·이전일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상 을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업을 폐지한 것으로 본다. ⑨ 완전모회사는 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에 따라 완전자회 사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 주식의 포괄적 교환등으로 취 득한 완전자회사의 주식의 가액을 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. | | 자산조정계정 | × | 처분한 주식 수 | | | | 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식 수 | | ⑩ 제9항에 따른 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다. 1. 제6항에 따른 주주 및 지분비율이 100분의 1 이상인 주주가 보 유하던 주식: 「소득세법」 제97조제1항제1호 에 따른 취득가 액 2. 제1호의 주주 외의 주주가 보유하던 주식: 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 완전자회사의 순자산장부가액에 해당 주주의 지분비율을 곱한 금액 ⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다. ⑫ 완전모회사가 법 제38조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경 우에는 제9항에 따라 계상한 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다) 을 익금에 산입한다. 이 경우 제9항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다. ⑬ 법 제38조제3항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전모회사 및 제6항에 따른 주 주가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 2. 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전자회사가 「법인세법 시행 령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 ⑭ 법 제38조제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포 괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑮ 법 제38조제2항을 적용받으려는 완전모회사는 주식의 포괄적 교 환·이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자산조정계정 명세서 및 완전자회사 주식의 장부 가액 합계액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한 다. ○ 상 법 제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설 립 】 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한 다) 가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다. ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하 여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식 을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이 전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다. 4. 관련사례 ○ 서면-2019-법령해석법인-0084, 2019.7.19. 완전모회사가 「조세특례제한법」 제38조제2항 (2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)에 따라 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득하여 과세특례를 적용받은 후 완전자회사를 합병하는 경우로서 합병법인이 보유하고 있던 피합병법인의 주식(이하 “포합주식”)에 대하여 합병신주를 교부하지 않는 경우 해당 포합주식에 대해 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것과 그 결과는 실질적으로 동일하므로 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식에 대하여 자산조정계정으로 손금에 산입한 금액은 「조세특례제한법 시행령」 제35조의2제9항 (2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)에 따라 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것임 ○ 대법원2012두6247, 2014.7.24. 합병법인이 피합병법인을 흡수합병할 때 보유하고 있던 피합병 법인 의 주식(이하 ’포합주식’이라 한다)을 소각하지 아니한 채 포합 주식 에 대 하여 합병법인의 신주를 할당하여 이를 보유하다가 신주를 처분하 지 않고 나중에 소각할 경우에 위 신주의 소각은 자본환급의 성질을 띤 자본거래에 해당한다. 합병법인이 피합병법인을 흡수합병 할 때 보유하고 있던 포합주식에 대하여 합병법인의 신주를 할당하지 않고 전부 소각한 경우에도 시간적 간격이 있기는 하나 종국적인 효과에 있어서는 합병 후 신주를 할당하여 보유하다가 소각한 경우와 동일하다 합병법인이 합병하면서 이미 보유한 모든 포합주식을 소각한 것은 포합주식 전부를 신주로 할당한 후에 신주를 소각한 경우와 동일하 므로 합병을 통한 포합주식의 소각으로 발생한 차손익은 합 병차 손익으로 보는 것이 타당함 법인세법 및 상법 등의 규정에 의하면 자본감소절차의 일환으로서 자기주식을 취득하여 소각하거나 회사합병으로 인하여 자기주식을 취득하여 처분하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지므로 자본거래로 봄이 상당하지만 그 외의 자기주식의 취득과 처분은 순자산을 증감시키는 거래임에 틀림이 없고, 그것은 법인세 과세대상인 자산의 손익거래에 해당한다(대법원 1995. 4. 11. 선고 94누21583 판결). 위 법리에 비추어 볼 때 합병법인 이 합병 전에 취득한 포합주식은 합병으로 피합병법인이 소 멸되므로 포합주식에 상응하는 신주가 발행하는 등으로 합병법인 의 자기주식 으 로 변환될 것인데 그러하지 아니하고 이를 소각한 것은 자 본환급 의 성질 을 가진다. 따라서 원고 주장과 같이 장부상 지분법투자주식평가손실액 74억 93,512,380원이 있었다고 할지라도 합병과 동시에 원고가 보유한 (주)OO의 주식 전부를 소각한 것은 자본거래에 해당하므로 그 소 각으로 발생한 손실은 손금산입의 대상이 되지 아니한다. ○ 재법인46012-67, 2001.3.24. 합병등기일 전에 피합병법인의 주식 100％를 보유한 합병법인이 피합병 법인을 흡수합병하면서 합병신주를 발행치 아니한 경우는 합병신주를 발행한 후 소각하는 것과 그 결과는 실질적으로 동일하므로 법인세법 제44조 제1항의 요건을 갖춘 것으로 봄 ○ 법인세과-315, 2010.3.31. 합병법인이 합병신주를 교부하지 않는 방식으로 피합병법인을 합병 (합병비율 1:0)하는 경우 합병 전 피합병법인 주식의 평가와 관련하 여 손금에 산입하지 아니한 지분법평가손실 금액은 합병법인의 각사업 연도 소득금액 계산시 동 금액을 손금에 가산(△유보)하고 손금불 산 입(기타) 처분하는 것임 ○ 서면2팀-7, 2007.1.4. 「법인세법」 제49조 의 규정에 의한 합병시 자산ㆍ부채의 승계와 관련하여 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대하여 합병시 신주를 교부하지 않은 경우 합병전 당해 주식의 평가와 관련하여 익금 에 산입하지 아니한 금액에 대하여는 동 금액을 합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 가산한 후 익금불산입(기타) 처분하는 것임 ○ 서면2팀-152, 2006.01.18 내국법인이 자회사를 흡수합병 함에 있어 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대하여 합병신주를 교부하지 않고 소각 처리하는 경우 합병 전 당해 주식의 평가와 관련하여 세무조정으로 익금불산입한 금액에 대하여 합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 동 금액을 익금산입(유보) 및 익금불산입(기타)하는 것임. ○ 서면2팀-709, 2005.05.20 합병법인이 포합주식에 대하여 신주를 교부하지 아니하여 소각함에 따 라 생긴 자기주식소각손실은 자본거래로 손금불산입 사항으로서 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대하여 합병시 신주를 교부하지 않은 경우 합병 전 당해 주식의 평가와 관련하여 손금에 산 입하지 아니한 금액에 대하여 합병법인의 각사업연도 소득금액 계산시 동 금액을 손금에 가산(△유보)하고 손금불산입(기타, 잉여금 차감)처 분하는 것임